新疆医科大学中医学院前身为新疆中医学院，1998年6月新疆中医学院与新疆医学院合并成立了新疆医科大学学院，并改组为新疆医科大学中医学院。2000年申报成功中医方剂学、中医内科学、中西医结合临床、针灸推拿等四个硕士研究生学位授予点；2003年申报成功中医外科学硕士研究生学位授予点；2005年又申报成功了中药学的硕士研究生学位授予点。现有六个硕士研究生学位授予点。

学院的历史可上溯到20世纪40年代三区革命时期阿合买提江学校卫生班。1950年搬迁至乌鲁木齐，遂更名为乌鲁木齐卫生学校，1956年秋迁于现址。1961年改制为新疆维吾尔自治区中医学校。1985年5月31日经国家教委教计字[07]号文件批准，并经自治区政府1986年“新政办〔1986〕10号”文件决定，在原中医学校、中医医院和中医研究所基础上正式成立新疆中医学院。后于1998年4月7日经国家教育部批准与原新疆医学院合并成立新疆医科大学，并继续保持了与自治区中医院等附属单位教研医“三位一体”的格局。

The College of traditional Chinese medicine of Xinjiang Medical University was formerly known as Xinjiang College of traditional Chinese medicine. In June 1998, Xinjiang College of traditional Chinese medicine and Xinjiang Medical College were merged to establish the College of Xinjiang Medical University and reorganized into the College of traditional Chinese medicine of Xinjiang Medical University. In 2000, it successfully applied for four master's degree awarding points, including traditional Chinese medicine prescription, traditional Chinese medicine internal medicine, clinical practice of integrated traditional Chinese and Western medicine, acupuncture and massage; In 2003, it successfully applied for the master's degree granting point of traditional Chinese medicine surgery; In 2005, it successfully applied for the master's degree awarding point of traditional Chinese medicine. There are six master's degrees awarded to postgraduates.

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